Un aliment funcional ha de ser eficaç i segur. Per tant, a més de les evidències científiques d'activitat fisiològica, cal assegurar la seva innocuïtat.

Aquest és un aspecte essencial que s'ha de garantir als consumidors per a la seva seguretat i confiança en aquests productes.

D'acord amb els estàndards de seguretat estatals (Agencia Española de Seguridad Alimentaria-AESAN) i europeus (European Food Safety Authority-EFSA), disposem de les metodologies necessàries per a qualificar l'aliment d'apte per al consum humà. Els estudis que es poden realitzar són:

• Estudis de toxicitat aguda, subcrònica o crònica en diferents espècies.
• Estudis de mutagenicitat in vitro i in vivo (test d'Ames, alteracions cromosòmiques o test de micronuclis).
• Estudis sobre les interaccions entre els ingredients.

De manera general, també s'analitzen altres aspectes relacionats amb el control de la presència de components minoritaris o contaminants en els aliments, i es duen a terme anàlisis microbiològiques, control d'impureses i aspectes generals relatius a la seguretat química i biològica dels aliments.